Historia szkolenia młodzieży w Wiśle Kraków składa się z kilku etapów. Początki sięgają 1987 roku, kiedy to z inicjatywy Stanisława Chemicza powstała Szkółka Piłkarska TS Wisła Kraków. Towarzystwo Sportowe nieprzerwanie do dzisiaj prowadzi treningi i propaguje sport wśród młodzieży. Równocześnie Wisłę Kraków SSA prowadziła drużyny młodzieżowe, nad którymi czuwał Adam Nawałka. Późniejszy selekcjoner reprezentacji Polski pełnił wówczas funkcję koordynatora ds. szkolenia młodzieży, sprowadzając pod Wawel wielu utalentowanych zawodników m.in. Pawła i Piotra Brożków.
W wyniku połączenia grup młodzieżowych Wisły Kraków SA oraz Szkółki Piłkarskiej TS Wisła Kraków na początku roku 2014 powołano do życia Akademię Piłkarską Wisła Kraków, której głównym zadaniem było szkolenie i wychowanie młodych piłkarzy. Szkolenie młodzieży z roku na rok przechodziło zmiany strukturalne, dostosowując się do wzrastających wymagań stawianych na profesjonalnym poziomie. Systematycznie usprawniano cały system szkolenia, mający na celu poprawę jakości treningu, a co za tym idzie wzrost liczby wychowanków w pierwszej drużynie Białej Gwiazdy.
Akademia konsekwentnie realizowała swoje założenia, a ciężka praca wielu osób przynosiła zamierzone efekty. Młodzi zawodnicy systematycznie pięli się po kolejnych szczeblach, czyniąc regularne postępy, co nie uszło uwadze sztabu szkoleniowego pierwszej drużyny. Jedno z głównych założeń, czyli występy w Ekstraklasie, zrealizowali młodzi zawodnicy wiślackiej Akademii tacy, jak: Patryk Plewka, Dawid Szot, Konrad Gruszkowski, Piotr Starzyński, Aleksander Buksa czy Daniel Hoyo-Kowalski, który po raz pierwszy na tym szczeblu wystąpił w wieku 15 lat i 287 dni, co czyni go najmłodszym debiutantem w historii Wisły Kraków. Olek Buksa także zapisał się na kartach wiślackiej historii, bowiem parę miesięcy po oficjalnym debiucie, w wyjazdowym spotkaniu przeciwko Jagiellonii Białystok, zdobył bramkę, stając się tym samym najmłodszym strzelcem w historii klubu z Reymonta.