ORLEN OIL Centrum Treningowe przy ul. Zdrojowej 9 w Myślenicach
W Myślenicach trenują najstarsze zespoły Akademii: II drużyna, U-19 oraz U-17. Juniorzy korzystają z obiektów Sport Myślenice, natomiast rezerwy z głównego budynku, który współdzielą z I drużyną. Zawodnicy, którzy są w wieku licealnym uczęszczają
do położonej vis a vis Małopolskiego Szkoły Gościnności. Tam też, w Internacie, są zakwaterowani.
Zespół Szkół Budowlanych nr 1 w Krakowie
Końcowym etapem szkolenia w Akademii są drużyny, które funkcjonują w ramach Niepublicznej Szkoły Mistrzostwa Sportowego im. Tadeusza Łopuszańskiego. Są to zespoły U-16, U-15 oraz U-14. Zawodnicy zgrupowani są przy ul. Szablowskiego 1, gdzie jest budynek
Szkoły, a także przynależny jej Internat, w którym zamieszkują zawodnicy spoza Krakowa.
Akademia Wychowania Fizycznego im. Bronisława Czecha w Krakowie
Na boisku Akademii Wychowania Fizycznego im. Bronisława Czecha przy al. Jana Pawła II 78 trenują zespoły U-10, U-11, U-12 oraz U-13. Rozgrywane są tutaj również mecze ligowe pozostałych krakowskich drużyn.
VIII Liceum Ogólnokształcące im. Stanisława Wyspiańskiego w Krakowie
Na boisku sztucznym przy ul. Grzegórzeckiej 24 odbywają się treningi najmłodszych zawodników w Akademii Piłkarskiej. Stacjonują tu na co dzień chłopcy z zespołów U-9, U-8 oraz U-7, a także w soboty odbywają się zajęcia Wisła Junior. Na boisku przy VIII Liceum Ogólnokształcącym trenuje również sekcja żeńska Wisły Kraków (zespoły U-9, U-11, U-13 oraz U-16).